冷冻食品有万般好处，但也总免不了存在一些缺点。例如一般的食物来说，冷冻食品虽然会将绝大部分的营养素很好地保存住。可是像维生素C、维生素B族在内的水溶性营养素，通常在烫漂（漂洗或焯水时）的过程中会被破坏掉。尽管存在这些损失，但是新鲜的水果和蔬菜同时每天也会流失15%的维生素C，如果当水果和蔬菜在较好状态时被冷冻保存，它们则要比放置时间过长的新鲜食物更有营养。

工业化生产的冷冻食品，需要经过原料进厂验收控制，加工现场卫生控制、产品出厂检验控制、快速处理、冷冻保鲜贮存流通控制等程序，从而无需添加任何防腐剂等物质。企业在冷冻食品产品设计时，有营养学。工艺学方面的专业人士从原辅料营养搭配、风味特征保持、冷冻工艺选用、家庭加热蒸煮技术条件等多方面因素综合考虑，从而保证冷冻食品的特性。