由于芽孢杆菌是水产养殖中常用的益生菌，因此对于其在治理蓝藻水华方面的研究将有巨大的潜力。推测芽孢杆菌对藻细胞的作用类似水产消毒环境毒理效应，从云南滇池分离出的蜡样芽胞杆菌感染水华束丝藻后其叶绿素a含量、藻蓝蛋白含量显著减少，枯草芽孢杆菌 肥料，光合活性也明显降低。关于芽孢杆菌抑藻方式，目前发现主要是通过直接接触藻细胞、分泌胞外活性物质、以及与藻类竞争资源达到抑藻效果。

也许会有人说，枯草芽孢杆菌，很多案例表明使用芽孢杆菌后没有起到文中提到的降低COD的效果，枯草芽孢杆菌 生物指示剂，反而会造成缺氧泛塘的现象。使用芽孢杆菌造成池塘缺氧主要包括以下三种情况：最常见的是养殖池塘有机物含量过多，健康藻类含量低，不管此时是否使用芽孢杆菌，都容易发生缺氧，枯草芽孢杆菌，此时应该开启增氧机，使用化学增氧类底质改良剂，提高养殖池塘溶氧量，降低缺氧风险。

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