卤菜杀菌设备也主要用于包括熟的肉禽制品、豆制品、蛋制品、凉拌蔬菜等产品杀菌。在卤菜生产过程中，如果生产过程控制不严，也就会出现往会产生细菌检验结果不合格甚至导致细菌性食物中毒。说到底，主要的是微生物问题，即生产经营的过程中细菌的污染和大量繁殖问题。
　　卤菜在生产、运输、销售过程中，容易感染细菌，同时由于其蛋白质等营养物质和水分的含量较高，如果温度适宜（特别是高温季节），即可以造成细菌的大量繁殖。如果腐败菌也大量繁殖，会导致细菌的检验结果超标，甚至也出现感官上的变化和变味等问题；如果致病菌大量的繁殖，则会导致食物的中毒。
　　为了防止这些事件发生，在生产中也需要做到以下两点：在相对卫生条件较好的情况下生产的卤菜，较少细菌污染。在产品熟制后进行冷却时，不能堆积，一定要摊开冷却。尽可能在低温条件下贮存、运输、销售。应使用微波杀菌设备进行杀菌处理。