微波食品杀菌机主要采用微波对食品进行辐射的杀菌，微波杀菌主要是靠微波的生物效应和热效应。食品在微波的辐射下细胞膜断面的电位分布受到影响，造成细胞膜周围的电子、离子浓度和细胞膜的通透性能的改变，从而造成细胞营养不良，不能正常的新陈代谢，细胞结构功能的紊乱，生长发育受到抑制从而死亡。微波的热效应是菌体由于吸收微波能的升温。使物料的水分子达到升温挥发，从而使细菌体内的蛋白质同时受到无极性的热运动和每秒钟24.5亿次震荡的作用，使其空间结构发生变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就会失去生物活性。

传统的食品杀菌设备和消毒的方法有很多种，有通过温度进行杀菌的巴氏杀菌和高温杀菌，也有通过红外、紫外或臭氧进行杀菌。微波杀菌属于低温杀菌，通过微波杀菌设备处理过的食品的保质期可延长3～8倍，并且是低温处理，不破坏食品原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。

设备用途：微波食品杀菌设备的应用范围很广，可对肉制品、果脯、豆制品、熟食、调味品、米粉、麦片、豆奶粉、卤菜、牛肉干、烧鸡、方便面、保健茶、整鸡、鱼片干、盐水鸭、海产品等杀菌处理。该设备按种类区分可分为：包装食品杀菌机、粉状食品杀菌机、液体食品杀菌设备等等。