洁净厂房建筑方式可分为土建结构和装配式两种，其中普遍采用装配式。
装配式洁净厂房系统主要由初，中，高三级空气过滤的空调送风回风和 排风系统；动力及照明系统；工作环境参数的监测报警消防和通讯系统；人流和物流系统；工艺管路系统；维护结构及静电地面处理等各方面所要求的实施内容组成，形成空调净化系统工程所包含的整个设备和器材的配套和建筑安装内容。他的安装与使用方面有以下特点:
装配式洁净厂房的全部维修构件在工厂内按统一模数及系列加工完成，适于批量生产，质量稳定，供货迅速。
机动灵活，即适合在新建厂房配套安装，也适宜老厂房的净化技术改造。维修结构也可随工艺要求任意组合，拆卸方便。
需要辅助建筑面积较小，对土建筑装修要求低。
气流组织形式灵活，合理，可满足各种工作环境，不同洁净等级的需要