1984年，复旦大学成立研究生院。同年，再次被国务院批准为国家重点建设的10所高校之一。1993年2月，复旦大学提出了“追求优质，争创一流，明确复旦作为高校国家队的坐标位置”的发展大计，并逐步确立“建设世界一流大学”的总体奋斗目标。

1994年，复旦大学通过由国家教育部组织的“211工程”部门预审，提出了在21世纪初期，将复旦大学建设成为高层次人才培养、高水平科学研究、高科技成果转让和高规格决策咨询的中心和基地，成为学术思想活跃、学科特色鲜明、综合实力雄厚、精神面貌健康奋发、与上海国际化大都市地位相称的、具有世界一流水平的社会主义综合大学的总体奋斗目标，为此后十年制定了发展蓝图。1995年5月22日，中共中央总书记江泽民为复旦大学题词：“面向新世纪，把复旦大学建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学。”

1999年国家教育部、上海市政府签定共建复旦大学的协议，复旦成为“985工程”的首批建设高校。2000年4月27日，复旦大学与上海医科大学强强联合，成立新的复旦大学。

2005年复旦大学百年华诞。中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛发来贺信，希望复旦大学发扬优良传统，不断开拓创新，努力建设成为具有世界一流水平的社会主义综合性大学，为建设中国特色社会主义伟大事业培养更多德才兼备的高素质人才，为全面建设小康社会、实现中华民族的伟大复兴作出新的更大的贡献。

复旦大学积极参与各类重要国际大学组织，继1998年成功举办东亚研究型大学年会之后，2000年成功举办21世纪大学校长协会第4次年会，2001年又成功举办了“环太平洋大学协会”第5次年会。随着国际地位的提升，该校主办了相当多的学术会议， 2002年学校主办了国际数学联盟执委会会议、国际合成金属会议和第七届世界对外汉语教学会议等高规格、大规模的国际学术会议，2004年举办国际学术会议60场次。

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