目前蛆料分离的方法主要有以下两种：

1、水湿法:根据蝇蛆成熟后要在干燥地方化蛹的特性，用水湿透培养料迫使蝇蛆从培养料中爬出来，达到蛆料分离的效果。缺点是养殖蝇蛆的培养料是很好的有机肥，水湿后要用太阳晒或机器烘干后才便于销售运输。

2、光分离法:利用蝇蛆的避光性，采用光分离法，蝇蛆收集设备由筛网架，接蛆池构成。进行蛆料分离时需把含有蝇蛆的培养料，利用蛆的避光性迫使蝇蛆往筛网下钻，通过筛网落入接蛆池。其缺点，采用太阳光照射必须要在晴天进行，分离时间长，蛆料分离不彻底，分离效率低，一般仅为60％，而且人工劳动强度大，工作环境恶劣。由于蝇蛆将要化蛹，蝇蛆分离有紧迫的时间限制，如果采用灯光照射又浪费能源，对于大批量的培养料与蝇蛆分离生产需占用很大的场地。