由根部簇生，高约50～110厘米，草本，茎基部圆柱形，上端多棱角，有的扭曲，有的直伸，向阳部分多呈紫红晕。

下部的二回三出羽状复叶，即叶的末端由3片小叶组成一束叶，两侧又各有一束叶，两侧的每一束叶通常情况下由4片小叶组成，中部的复叶，末端的3片小叶不变，两侧的小叶片数开始减少，由原先的4片逐渐减为3片、2片或1片，甚至消失，当消失时，末端只有3片小叶构成，这时叫做三回羽状复叶，上方的叶片是单叶。叶长20～24厘米，小叶有椭圆形、狭卵形、被针形等，叶端长而尖，全缘微波，叶缘密生白色骨质细齿，叶面有黄绿色、绿色和深绿色等，叶背多粉绿色，有毛或无毛。芍药的叶也具有观赏价值，“红灯烁烁绿盘龙”中“绿盘龙”就是对叶的赞美，因此也可作为观叶植物。

芍药的芽为混合芽，属地下芽类型，萌发后伸出地面既抽桂长叶，又展蕾开花。混合芽是多种原基的复合体，由顶端生长点、芽鳞、芽鳞腋内的腋芽原基、叶原基、叶原基腋内的腋芽尿原基、苞片原基、萼片原基、花瓣原基、雄蕊原基、雌蕊原基等组成。该芽称之为母代芽，而芽鳞和叶原基腋内的腋芽原基就是子代芽的原始体。叶原基腋内的及其腋芽原基不产生芽鳞为裸芽；而鳞片腋内的腋芽原基有芽鳞，形成鳞芽。春天鳞芽萌发，子代裸芽随母代混合芽的节间伸长而伸出地面，形成主干上的花枝或分枝；其子代鳞芽不露出地面。待秋后地上部分枯萎后，位于芍药根颈部最上端的子代鳞芽就成了“顶芽”。实际上芍药的顶芽只有一个，就是种子萌发后，实生苗的顶芽。次年，这子代鳞芽就萌发出土，伸枝、展叶、开花。所以，裸芽的生命周期为2年，而鳞芽的生命周期为3年。

芍药其地下鳞芽的腋芽约于8月出现，其顶端生长点由外向内逐渐产生芽鳞原基，到第二年5月，已形成4个芽鳞包被的生长点，6月下旬芽鳞分化完成。然后，顶端生长点开始产生叶原基，叶原基有多个指状突起，而芽鳞原基仅有1～3个。叶原基分化从8月上旬到9月上旬结束。

形状有圆桃、平圆桃、扁圆桃、尖圆桃、长圆桃、尖桃、歪尖桃、长尖桃、扁桃等数种。外轮萼片5枚，叶状披针形，绿色，从下到上依次减小；内萼片3枚（不包括变种），绿色或黄绿色，有时夹有黄白条纹或紫红条纹，倒卵形、宽卵形、圆形、椭圆形或不规则形。

一般单独着生于茎的顶端或近顶端叶腋处，也有一些稀有品种，是2花或3花并出的。原种花白色，花径8～11厘米，花瓣5～13枚，倒卵形，雄蕊多数，花丝黄色，花盘浅杯状，包裹心皮基部，顶端钝圆，心皮3～5枚无毛或有毛，顶具喙；园艺品种花色丰富，有白、粉、红、紫、黄、绿、黑和复色等，花径10～30厘米，花瓣可达上百枚，有的品种甚至有880枚，花型多变。花期5～6月，果期8月。果实

蓇葖果，呈纺锤形、椭圆形、瓶形等；光滑，或有细茸毛，有小突尖。2～8枚离生，由单心皮构成，子房1室，内含种子5～7粒。具有药用价值。

黑色或黑褐色，种子大型，呈圆形、长圆形或尖圆形。