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轮藻门的有性生殖器官发达，雌性生殖器官称为藏卵器。它们均生在小枝上，雌雄同株或异株，藏卵器呈长圆形，外面由5列细胞包被，最下部的5个细胞长形，螺旋形围绕，位于藏卵器顶端的细胞很短。形成由5或10个细胞排列成一轮或二轮的冠(通称冠细胞)。藏精器呈球形，外壁由8个(罕见4个)盾片状的细胞组成。盾片细胞内侧中央有盾柄细胞，其上产生排列成丝状的单细胞精丝，每个细胞产生一个具2条鞭毛的精子。轮藻门除有性生殖外，有的种类地下假根部分的节上可产生珠芽，以进行营养繁殖。

轮藻门仅一纲，轮藻纲Charophyceae，轮藻目Charales。常见者为轮藻属和丽藻属。 藻类植物的1门，大型沉水植物。植物体具有类似根、茎、叶的分化。茎有节和节间之分，在节上轮生有相当于叶的小枝，有些种类体外被有钙质或胶质。