藻蓝蛋白的应用研究很广泛，可归纳以下几方面： (1)天然食用色素：藻蓝蛋白是水溶性色素，无毒，纯蓝，清亮可爱，可作为食品着色剂、化妆品的添加剂。 (2)医药保健食品：藻蓝蛋白离体实验具有刺激红细胞集落生成，类似红细胞生成素(EPO)的作用 (3)生物学、化学和细胞学实验的特殊试剂：藻蓝蛋白蓝色并有荧光，可作为生物学、细胞学一些光动力学的研究试剂。