篦齿眼子菜是沉水草本,有细线状根状茎,秋季生有白色卵圆形小块根。茎的下部较粗,直径约为3mm,上部呈叉状密分枝。叶条形,长2~10cm,宽0.5~1mm,先端急尖,全缘;托叶与叶柄合生成鞘,基部抱茎,长1~3mm。