微波杀菌是微波的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质性,使细菌失去营养、繁殖和生存条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电面分布、影响细胞膜周围电子和离子浓度,从而改变细胞膜的通透性能,细胞因此营养不良,不能正常新陈代谢,细菌结构功能紊乱,生长发育受到抑制而死亡。微波灭菌正是利用了电磁场的热效应和生物效应共同对生物的破坏作用,因此,微波杀菌温度低于常规方法,一般情况下,常规方法杀菌温度要120度—130度,时间约20—30分钟,而微波杀菌温度仅要65度—105度,时间约120—180秒。