EM用于养殖业的主要途径和方法是，采用微生态工程原理，筛选出适合不同畜禽需要的培养基料，制成生物活性饲料；根据畜禽种类、生长时期等的不同，用不同浓度的EM液直接饲喂或加入饮水中；定期用EM液喷洒畜舍及投入粪池，或用EM对畜禽粪进行堆肥处理。这些途径和方法的综合运用，是充分发挥EM抗病、增产、除臭和改善肉的品质的关键。 2.1　用EM饲喂畜禽可增加畜禽营养，提高饲料利用率，提高生长速度。
　许多有效微生物和酵母菌、光合细菌、乳酸菌等不仅含有较高的优良蛋白质，氨基酸组成齐全，还含有丰富的维生素以及大量的类胡萝卜素、抗病毒物质、生长素和提高机体免疫能力的活性物质，作为饲料添加剂能增加畜禽营养，促进生长。由于饲喂EM，促进畜禽体内的微生态平衡发生变化，不同功能的微生物在体内代谢旺盛，可以明显提高畜禽机体对各种营养物质的吸收和减少不必要的能量消耗，从而加快了生长速度，提高了饲料利用率。
　EM喂饲方法，可以用直接饲喂法，按饲料量的0.2%直接喷入饲料中，边喷洒边搅拌，拌匀后即可喂用；也可采EM饮水法，不同畜禽采用不同浓度。例如鸡采用0.1%～0．3％，猪用0.02%～0.05%配制。EM饲料可使蛋鸡提前开产，产蛋率和平均蛋重均比对照组明显提高，料蛋比下降，经济效益提高20%以上。
　用经EM发酵处理的干玉米秸饲喂牛，可增强秸秆的适口性和消化率，营养价值大大提高，饲料消耗量有明显减少。在肉牛120天肥育期中，饲料率比对照提高9%以上，节约各种精、粗料达9%以上。而奶牛的产奶量也可提高6%以上。
2.2　饲喂EM，可明显增强畜禽免疫能力和抗病性，提高成活率
　由于喂用EM，可以通过多种有效微生物的协调作用来调节畜禽体内微生物菌群的失调，有效抑制畜禽体内的病原体，增强免疫机制，提高抗病力，减少疾病的发生，提高成活率。如蛋鸡喂养400天，鸡的平均死亡率比对照降低35.5%。
2.3　喂EM能改善肉的品质，提高产品质量
　由于饲用EM，畜禽体内抗生素药物减少，不仅使畜禽生长快，而且由于体内大量有效微生物的活化作用，促进了肉质的改善，肉的蛋白质含量明显提高，脂肪、胆固醇含量下降，肉的纤维组织有所改善，提高了肉质，肉更加鲜嫩好吃；鸡蛋呈自然风味。由于停止使用兽药，肉、蛋中不存在兽药残留。
　用EM饲喂畜禽，应注意以下几个问题：①应用时间要早，要从新生幼畜开始使用，以保证添加剂中的微生物优先占据消化道，从而减少或阻止致病菌的定居；②添加剂中的微生物应有足够的活力和数量；③应用于畜禽应激期效果最明显。