微波辣椒杀菌设备，是利用了电磁场的热效应和生物效应的共同作用的结果。微波杀菌设备对细菌的热效应是使蛋白质变化，使细菌失去营养，繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的电位分布，影响细胞膜周围电子和离子浓度，从而改变细胞膜的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，微波能使细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸[RNA]和脱氧核糖核酸[DNA]，是由若干氢键松弛，断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体畸变甚至断裂。
微波机杀菌效果好。实践证明，利用微波杀菌一般在75℃就可全部杀死大肠杆菌，在80～90℃细菌总数大大降低，时间只需2～6分钟。加热杀菌速度快，时间短，因此保留食品中的营养成份、传统风味，色泽不受破坏。微波机可延长食品保质期：经微波杀菌处理的物料，可延长半年保质期，对提高产品质量及延长储存周期有显著的效果。
　　微波杀菌机的特点：1、时间短、速度快2、低温杀菌保持营养成分和传统风味3、节约能源4、均匀彻底5、便于控制6、设备简单，工艺先进7、善劳动条件，节省占地面积
　　微波杀菌机的应用范围：微波杀菌机用于粉状、颗粒、片状等食品、药品、营养品、粮食制品、农副产品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、杀菌，杏仁、花生、红枣、桃仁、板栗的烘烤、膨化、杀菌、脱皮，酱菜、卤味、各种肉制品小包装的防霉、杀菌、保鲜，还用于科研院校的研究。