生物有机肥料可以减轻环境污染 有机废弃物中含有大量病菌虫卵，若不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机态氮浓度增高，以及地表与地下水富营养化，造成环境质量恶化，甚至危及到生物的生存。因此，合理利用这些有机肥料，既可减轻环境污染，又可减少化肥投人，一举两得。有机肥料还能吸附和螫合有毒的金属阳离子如铜、铅，增加砷的固定。

生物有机肥料可以提高产品品质 单一施用化肥或养分配比不当，均会降低产品质量。实践证明有机肥料与化学肥料配合施用能提高产品品质，如提高小麦和玉米子粒中蛋白质含量。配合施用比单施化肥品质都有提高，小麦蛋白质含量提高1%，面筋提高2.3%，子粒全氮提高0.19%。中国农业科学院土壤肥料研究所的研究表明，不合理、过多地追施氮肥，蔬菜体内的硝酸盐含量明显增加，特别是白菜、菠菜和生菜可食部分，硝酸盐高达1000μg/g，最高者可达1700μg/g，而厩肥区仅为200～500μg/g，最低仅几十个μg/g。对于西红柿和菜花类，采用有机无机肥配合，可使维生素C的含量提高16.6～20.0μg/g。

生物有机肥料可以提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。这类菌种作用于病原菌的方式主要有三种：1.拮抗作用。产生拮抗物质直接抑制病原菌生长。2.竞争作用。从营养吸收利用等方面抑制病原菌生长，一般情况下这种菌种生长速度很快。3.寄生作用。以病原菌为寄生，直接寄生在病原菌身上导致病原死亡。这三种抗病防病作用方式常常是交叉的。

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