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戊二醛主要通过其两个活泼的醛基来杀灭微生物；其活性受pH 和温度等因素的影响; 戊二醛在酸性条件下， 其单体水解成一水化合物、二水化合物，它们之间相互平衡； 由于酸性水溶液中只存在少量的戊二醛单体， 因此其生物活性较差；但在酸性条件下， 戊二醛的聚合作用较慢，这样酸性戊二醛较稳定，可储存较长的时间。在酸性条件下，提高温度可产生更多的自由醛基，从而提高其生物学活性。