在考勤应用方面，指纹识别与虹膜识别两种技术有如下差别：
    
    性能 虹膜识别 指纹识别
    准确性 最准确 单指精度不高
    十指指纹识别可以提高精度
    稳定性 一岁半后终身不变 终身不变；体力劳动磨损指纹，老年指纹干涩难用
    抗欺诈性 最强，无痕迹残留 有痕迹残留
    可以伪造指纹印模
    抗改变性 最强 可以手术移植
    抗污染性 不受污染 手指可受污染
    设备稳定性 稳定 设备表面可被手指污染
    信号采集 较难采集 易于采集

目前,基于指纹识别的身份认证技术产品在全球范围内已得到非常应用,高端从英国等欧美国家的电子护照出入境通关系统到低端的普通工厂的员工考勤管理,指纹识别产品以相对的低应用成本与简单易用在相当一段时期引领了人体生物识别身份认证产品市场。
    但是随着指纹识别技术自身与生俱来的先天缺陷，其在实际应用中与用户需求的种种不相适应已越来越多地突显出来。而更先进、更精确、更可靠稳定的高端人体生物识别技术------虹膜识别开始异军突起，逐步占居更多的人体生物识别身份认证产品市场。
    以前工厂考勤管理中用考勤刷打卡机的比较普遍,但代打卡现象非常常见,难以杜绝,于是,许多厂矿工厂已开始将指纹识别技术应用于工厂的考勤管理,不过在使用过程中还是出现一些不尽如人意的地方,比如很多员工反应:天天都按好几次，否则就会丢失考勤记录,又比如,个别员工手上长了老茧，进行指纹识别时设备经常识别不出来，还影响到后面排队的同事等.总之,现有工厂考勤管理的诸多问题,如传统打卡机的冒名顶替,指纹机的不便性，都会对工厂管理效率以及员工的心理产生一定的负面影响.
    考勤关系到员工的工资，关系到工厂重要的用人激励机制,薪金是员工工作的主要源动力之一，员工工作的状态与工厂的利益息息相关，相信管理者对这一点非常明白。而以人自身生物特征——虹膜为 “工作证”的虹膜考勤机会解决打卡式考勤系统中的代打卡问题；免接触式的虹膜考勤机在考勤时，员工无需与机器接触，一次性通过，会加快员工打卡速度，带着一个好的工作心情开始一天的工作，同时也避免因为在考勤流程中本不该出现的问题而影响同事之间的关系，产生不必要的矛盾与误会。
    虹膜考勤机本身的高识别速度使得一次性通过速度更快。识别精度高（错识率1:20000000）的虹膜考勤机的应用使在其他人体生物识别技术中存在的拒绝效率与误识率降到最低,发生率几乎为零，所以在考勤应用时无需担心。
    目前国内虹膜识别考勤机已在许多家煤矿广泛使用，客户反应良好。所以虹膜识别考勤机会给工厂考勤带来一场革命。当然由于工厂的复杂人事制度，一套好的软件也非常关键，虹膜考勤机+适合工厂的考勤软件一定会为工厂的人事管理带来一片崭新的面貌。
    
    与目前现有的大量指纹鉴别产品的相比,在可靠性、安全性（指纹易仿造）、稳定精度等方面，虹膜鉴别仍具有巨大的优势。在巨大的生物识别产品市场，虹膜识别特别具有优势地位。指纹识别的接触式取像虽然更为直接。但是这本身也是个缺点：接触式取像污染接触面，影响可靠性；手指污染还可能引起法律纠纷，香港曾出现过索赔事件；此外，取像设备不能做得比拇指更小；提取单个手指图像时影响可靠性，提取多个指纹图像则影响实用性；较易制作假指纹、可进行手术移植、接触面上的指纹印痕易被他人窃取作假。由此可以看出，虹膜识别具有全方位的优势，在人体生物特征识别市场中细分的市场中将成为主流产品。