将涂有如痰液、茹液、分泌液等细菌标本的载玻片，插入染色缸的隔槽内，常用革兰染色法，先用碱性染料结晶紫或龙胆紫染料，使标本染上色后，加入碘溶液使染料固定在被染物上，用酒精使一部分阳性菌脱色，再转移到复红染料的染色缸内进行第二次染色。凡是被染成紫色的细菌称为革兰阴性菌，凡是能被酒精脱色，又被染成红色的细菌称为革兰阳性菌。最后用水冲去载玻片上的多余染料，通过显微镜观察细菌状态，细菌的鞭毛、胞芽（因为未经染色的鞭毛和胞芽细菌呈透明状态不易观察到它的全貌）。利用染色的方法，可以鉴别细菌所属的类型。

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