EM益生菌的基本功能是营造良性生态，只要恰当施用，就会迅速与所到之处的良性力量结合，产生抗氧化物质，抑制病原菌，形成适合动植物生长的良好环境，并产生大量易为动植物吸收的物质，如氨基酸、有机酸、多醣类、各种维生素、各种生化酶、促生长因子、抗生素和抗病毒物质等，提高动植物的免疫功能，促进其健康生长，从而达到改良生态环境、促进物质与能量的合理流动、提高动植物品质和产量的效果。EM益生菌进入水体后，能抑制病原微生物和有害物质，促进养殖生态系中的正常菌群和有益藻类活化生长，保持养殖水体的生态平衡；EM益生菌富含多种营养物质和生物活性物质，直接拌入饵料投喂，能增强鱼虾的吸收功能和防病抗逆能力，促进健康生长；EM益生菌中的光合菌还能利用水中的硫化氢、有机酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亚硝酸盐，从而分解养殖池中的排泄物和残饵，改善水质，减少鱼病发生。
1、减少病原微生物和不良藻类；明显增强养殖对象的免疫力和抗病性，提高成活率。据有关试验表明，EM益生菌可使蟹苗成活率提高近一倍，中华石斑鱼成活率由30％提高到70％以上。
2、浮游动物、有益藻类增多。特别是枝角类、水蚯蚓等明显增多。
3、稳定和改善水质。使用后水体清爽，不臭不腐，无硫化氢、氨气等异味，能长时间保持较高透明度，减少池塘换水次数。
4、促进鱼虾生长，增重率明显提高。厦门某大学在小面积对虾养殖试验中发现，同等条件下，使用EM益生菌的池塘对虾可提前10-15天上市，平均亩产提高20～35％。另有试验表明，亲鳖池使用EM益生菌后，亲鳖产卵量增加20％以上，产卵时间可延长近30天，且鳖蛋孵化率达92%。
三、EM益生菌在水产养殖中的具体用法
（以产品说明书为准，以下使用方法和浓度仅供参考）
１．池塘养鱼
（1）水质净化：放养前1天，用100倍的EM益生菌稀释液泼洒水面，以后每15天泼洒一次，每亩用EM益生菌1公斤，具体视水质情况调整泼洒次数。
（2）鱼饲料处理：可用200倍EM益生菌稀释液喷洒颗粒饲料，以喷湿为度，即喷即用，以免散开。
（3）制成高效有机肥：EM益生菌1∶50掺入农家肥发酵制成高效有机肥后投入水体。
２．特种水产养殖（甲鱼、虾、鳗鱼、桂鱼等）
（1）环境处理：放水前一周，用100倍EM益生菌代替石灰均匀喷洒净化环境。放养前3天，用为20万分之一的EM益生菌稀释液泼洒水面，放养后每15天喷洒一次，水质较差的地方应加大浓度，并缩短泼洒间隔时间。
（2）调节水质：在每次换水后泼洒EM益生菌稀释液（浓度为20万分之一），可泼在增氧机旁或进水口，通过机器和水流作用扩散有益微生物，以利最短时间分解有害物质，尽快稳定水质。虾类、甲鱼等养殖品种每月泼洒稀释液2-3次，发病季节适当增加用量。
（3）鱼饲料加工：用100倍EM益生菌稀释液与粉状饲料一起搅拌均匀，成团状饲喂。投喂新鲜动物性饲料的甲鱼池，可先把饵料铰碎，再和配合饲料、100倍EM益生菌稀释液一起均匀搅拌投喂。
（4）食台处理：主要是甲鱼池，每次投喂前用200倍EM益生菌稀释液泼洒，以净化食台。
四、EM益生菌使用注意事项
1、EM益生菌为酸味略带醇甜香的褐色半透明液体，必须注意初开瓶时气味，若气味有变化（出现异味或只酸不香和只甜不酸，没有酒曲香味）即为变质，就不能使用，若容器底部稍混浊及上部浮有少量白色物质均属正常。用后应立即盖紧瓶盖，保持密封。
2、EM益生菌应存放在避光凉爽的地方，适宜温度为5℃－45℃，超出这个温度，有些菌种的活力会受影响，应适当增加用量。EM益生菌保质期18个月，若保管得好（未开瓶或者不发生异味），18个月以后仍可一直使用，只是活性有所降低，须适当加大用量。
3、不能与抗生素或农药同时使用，也不要用打过农药的器皿盛放EM益生菌，与池塘外用消毒剂的间隔时间必须在3天以上，以免影响使用效果。
4、使用EM益生菌时所用清水必须是洁净的井水或河水，因自来水中含有漂白粉，须放置一昼夜后才能使用。
5、使用EM益生菌12小时后，应注意池塘溶解氧情况，低于3.5mg/l应及时开启增氧机，防止缺氧浮头现象发生。
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