施肥量日益增长，土壤结构中有机质比重下降，保水、供肥、通透能力和性能变差，板结严重，造成水土流失，生态失调。我国耕地垦殖年代久远，加上长期只重用地不顾养地，造成耕地养分失调，地力下降，虽然耕地产出量大幅度提高，但负荷过重，耕地养分投入与产出严重失衡。目前，除少数地区外，全国绝大多数耕地土壤肥力不高，土壤有机质平均为1.8％左右，旱地仅为1％左右，而欧美等国的耕地土壤有机质一般在5％—8％。而且我国很少种植有养地作用的多年生牧草，近年来绿肥的面积也下降很多，加之，有机肥（如：牛、马、猪、鸡等粪便发酵）的施用量也逐年递减。

有机肥是营养肥料，有利于平衡土壤养分含量的增加，改善土壤结构和透气保水性，改善土壤微生态系统，增加土壤有益微生物。 因此，现有的有机资源充分利用科学的方法进入高品质的有机肥料，是为了解决资源浪费，环境污染，改善土壤的关键环节。 根据对世界和中国农业形势的分析，中国未来农业只能靠科技来保护食品安全，生态安全和农民收入，采取集约化和可持续发展的农业。

非点源污染和地下水污染也更严重。 据专家介绍，化肥过度使用，一方面对农业食品安全构成威胁，另一方面是土壤压实，酸化，积累有害物质，营养元素和微生物群落结构严重失衡，土壤生态环境恶化， 长期大量化肥对环境的污染非常严重，阻碍了农业的可持续发展。 此外，国家现在积极希望解决非点源污染问题，将生物肥料农业转化为生态农业，落实和实施“二五”绿色发展和生态安全战略具有深远的意义。