著名的福建红曲传统制法是：

曲种（曲粉+醋）

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洗米→蒸饭→摊饭→拌曲→入曲房培养→堆积→平摊→浸曲→堆积→→翻拌 →第一次喷水→第二次喷水→出曲→晒干→成品曲→包装。

红曲所生长的微生物属于红曲霉菌，其种类很多。其生长特点是耐酸。从古代起，人们就掌握了这一规律，在接种时及培养过程中，加入醋酸或明矾水调节酸度。红曲培养的好坏与否，还与温度有关，故在培养过程中，堆积或摊开就是一种调节温度的方法（这和其它制曲时的方法相同）。培养过程中，湿度和水分含量更是非常关健的。水分太高或太低均不利，调节水分或湿度的方法有多种，如喷水，或短时间的浸曲。红曲的培养过程是一个非常有趣的过程。开始时还是雪白的米饭培养数天后，米饭粒上开始出现红色的斑点，随着培养时间的延续，米饭上的红斑点逐渐扩大，一般在7天左右，全部变红，如果继续培养，颜色会变成紫红色。

现代除了传统的制曲方法外， 还发展了厚层通风法制红曲工艺和红曲的液态法培养工艺。厚层通风法制曲可以减轻工人的劳动强度，节约空间。液态法制曲，可以利用更为廉价的原料，如玉米制红曲。原料的利用率也得以提高。

除了红曲外，中国一些地区还有乌衣红曲和黄衣红曲。乌衣红曲中的微生物除了红曲霉菌外，还有黑曲霉菌；黄衣红曲中的微生物不仅有红曲霉，还有黄曲霉菌。这些曲可以酿制各种不同风格的酒。