泥鳅饵料来源较广，所投饵料也杂，在规模化养殖时，因其放养密度大，饵料投喂量亦大，随着养殖时间的推进，大量的粪便沉积池底，其中大量有机质分解转化消耗大量氧气，易造成缺氧，同时还会产生氨和硫化氢等有害物质，影响泥鳅的生存和生长。因此，主养池需每年清淤，并保留适量的淤泥（15～20厘米），这样既可以减少池底过多的有机物所带来的危害，还能有利于稳定水质，是实行健康养鳅的重要措施。