苹果酸可广泛的用于食品保鲜剂。微生物需要在一定酸碱度的环境中才能正常地进行生长繁殖，如果环境中的pH值不适宜，则可能影响细胞表面的带电性质，从而引起膜的通透性能的变化，影响细胞的正常代谢。酸类对微生物的作用不仅决定氢离子的浓度成正比，而且与有机酸兼有的抗氧化作用、酸的阴离子及未电离的分子有关，苹果酸在中性条件下电离而在酸性条件下不电离，但酸性条件下的杀菌能力却比中性条件大100倍以上，主要是因为分子状态的有机酸更容易透过细胞膜起作用，而离子状态的酸不易透过细胞。另外他还可以促进蛋白质的热变性。